D'abord sous la domination de Cyrus, puis d'Alexandre qui fonde notamment Herat, Kandahar, Ghazni et Bagram et laisse après sa mort de nombreux royaumes gréco-bactriens. L'Afghanistan est un espace original de rencontre entre les cultures helléniques, bouddhistes puis musulmanes avec l'arrivée des Arabes à Kaboul en 663. L'islamisation du pays se fait non sous l'impulsion des élites mais par une imprégnation de tous les aspects de la vie quotidienne. Chaque invasion a donc contribué à laisser des inovations sociales, politiques ou religieuses qui constituent aujourd'hui la mosaïque de l'Afghanistan moderne.

Après l'invasion arabe, des dynasties afghanes prennent le pouvoir et connaissent un rayonnement important en Asie. Cette autonomie est finalement remise en cause par le déferlement mongol en Asie à partir de 1221. Gengis Khan lance son armée contre l'Afghanistan et détruit toutes ses grandes villes et infrastructures. Il laisse cependant derrière lui des Mongols dont la communauté Hazara, résidant principalement au centre du pays dans les montagnes de l'Hindu Kush, est aujourd'hui l'héritière. Au XIV, Tamerlan, dans la constitution de son empire, ravage lui aussi l'Afghanistan. Un État afghan autonome n'émerge que brièvement, entre 1504 et 1530, sous Babour, fondateur de la dynastie des Moghol qui règne ensuite sur l'Inde jusqu'en 1857,  avec Kaboul pour capitale. Après cela, le territoire afghan est une nouvelle fois ballotté au gré des alliances et des aventures des empires qui l'entourent, notamment la Perse. Ce n'est qu'à partir de 1747 que s'établit véritablement et durablement un royaume afghan tel que nous le connaissons aujourd'hui.