La guerre civile est particulièrement destructrice et meurtrière. Kaboul, qui est assiégée pendant presque toute la période, est presque totalement détruite par les bombardements. Les exactions et massacres sont nombreux et toute la lumière n'a pas encore été faite à ce jour sur ces crimes de guerre. De plus, les violences vont conduire de nombreux Afghans à l'exil, principalement vers le Pakistan et l'Iran, s'ajoutant à ceux qui avaient fui l'invasion soviétique et formant ainsi la communauté de réfugiés la plus importante au monde.

Le gouvernement ne contrôle que Kaboul, l'Afghanistan est fragmenté en une série de petits fiefs où des seigneurs de guerre font régner la terreur sur les populations locales. Les routes sont devenues particulièrement dangereuses. Les trafics en tout genre alimentent largement le marché noir et la culture du pavot explose afin de financer les commandants locaux.