1978 constitue donc la vraie rupture dans l'histoire du pays qui entre alors dans la crise dont il ne semble pas réussir à sortir aujourd'hui. Le coup d'État communiste de cette année amène à des luttes pour le pouvoir au sein du parti entre les factions Khalq (pashtounophone) et Parcham (persanophone).

La lutte contre le nouveau régime communiste et ses réformes agraires et éducatives est tout d'abord spontannée dans une population peu politisée en 1978, mais qui se rassemble au nom de la défense de son mode de vie et de l'islam. Le jihad est alors un thème fédérateur dans les campagnes et le soutien aux moujahidines est fort. L'intervention soviétique pour sauver le régime en 1979 ne fait qu'étendre les mouvements de résistance qui s'organisent et reçoivent des soutiens de l'extérieur. L'Arabie Saoudite et les États-Unis contribuent largement au financement et à l'équipement de ces derniers, par l'intermédiaire du Pakistan qui organise et distribue fonds et matériel, tout en servant de base arrière aux combattants. La lutte contre les communistes engage des combattants du monde entier, venus "libérer" l'Afghanistan. Les réseaux transnationaux de capitaux, de combattants, d'armes et de drogue s'établissent en Afghanistan et participent de la création d'une nouvelle économie de la guerre et de la transformation sociale qui contribue à la persistance du conflit.

Les troupes soviétiques s'enlisent, l'opinion publique russe s'insurge contre cette guerre meurtrière, finalement les troupes se retirent en 1989 après la signature des accords de Genève. Ce retrait soviétique signe aussi celui des États-Unis.

Toutefois, les combats ne cessent pas pour autant, une guerre civile remplace la guerre contre l'occupant, même la chute du régime de Najibullah, en 1992, ne pacifie pas le pays. S'engage alors une lutte pour le pouvoir entre les vainqueurs du régime communiste, principalement Gulbudin Hekmatyar, le Pachtoune, avec son parti Hezb-i-Islami qui refuse toute concession, Ahmed Chah Massoud, le commandant Tadjik de la Jamiat-i-Islami, Rashid Dostum, l'Ouzbek du parti Jumbesh et le Hezb-i Wahdat, le parti chiite hazara. Ces différents partis s'affrontent pour le contrôle du pouvoir et les alliances sont mouvantes ce qui rend la lecture du conflit d'autant plus difficile. La mobilisation se fait principalement sur des lignes ethniques et la guerre contribue donc à la polarisation des identités communautaires.